Гербарий ботанического сада был организован в 1992 году, в 2003 году был зарегистрирован в международной базе данных Index Herbariorum (акроним RWBG). В 2015-2016 году сотрудники Ботанического сада под руководством с.н.с. П.А. Дмитриева оцифровали 22 000 образцов гербария.

Гербарий включает следующие отделы:

1) сосудистые растения природной флоры Ростовской области; 
2) интродуценты из коллекций Ботанического сада ЮФУ; 
3) дикорастущая флора Ботанического сада ЮФУ;

4) флора Государственного природного биосферного заповедника «Ростовский»

         База данных рассчитана на широкий круг пользователей — как любителей, так и профессионалов — ботаников, геоботаников и экологов.

Благодаря возможности найти описание вида по латинскому названию, электронный гербарий является удобным иллюстрированным справочником растений Ростовской области.

*сайт «Плантариум» — атлас видов и иллюстрированный online определитель растений.